协会工作职能部门有 “八个部”、“两个中心”，即：办公室、财务部、会员组织部、学术培训部、投融资部、人才技术服务部、政策法规部、自律维权部、医疗质量评价中心和信息中心。拟筹建“七个委员会”，即：医疗质量委员会、护理质量委员会、继续教育委员会、政策法规委员会、检验专业委员会、投融资专业委员会、专科医院管理委员会。并拟在宁波、杭州、嘉兴、绍兴、温州、金华、湖州、衢州等地市设立分会。
